Бортницька станція аерації – це єдині очисні споруди стічних вод Києва та прилеглих міст і селищ. На станції проходять очистку всі побутові стічні води, а також стоки промислових підприємств. БСА – це складний комплекс інженерних споруд, обладнання та комунікацій, призначений для повної біологічної очистки стічних вод.
На БСА застосовується класична схема обробки стічних вод, яка передбачає механічну та біологічну очистку. Стічні води спочатку потрапляють до приймального каналу грабельного відділення насосної станції, а потім на решітки з механічними граблями. Великогабаритне та плаваюче сміття видаляється на решітках, після чого у пісколовках проходить виділення важких мінеральних забруднень. Далі у первинних відстійниках затримуються грубо-дісперсні мінеральні завислі речовини, нерозчинені органічні домішки, плаваючі речовини, жири.

Освітлена вода, яка містить дрібно-дісперсну суспензію, розчинну та колоїдну органіку, поступає до аеротенків, де проходить біологічне окислення органічних речовин активним мулом при інтенсивному насиченні рідини повітрям.
Після всіх етапів очистки вода повертається у Дніпро. Якість зворотних вод визначається розділом нормативів гранично допустимого скиду речовин у водний об`єкт діючого дозволу на спеціальне водокористування ПрАТ «АК «Київводоканал», виданого Державним агентством водних ресурсів. Згідно з цим дозволом для Бортницької станції аерації визначено 12 основних показників якості зворотних вод (бактеріологічні показник, завислі речовини, нітрати, синтетичні поверхнево активні речовини тощо) та низка властивостей (температура, прозорість та інші).
Згідно з Дозволом якість очищених вод контролюється у двох точках: у розсіючому випуску, де вода безпосередньо скидається у Дніпро, та на магістральному каналі станції – у точці повного змішування біологічно очищених зворотних вод всіх блоків станції.

Магістральний канал є основною контрольною точкою дотримання гранично допустимих скидів. Там відбираються проби протягом доби з інтервалом в 1-2 години. За результатами цих проб обчислюється середньодобова проба, а протягом місяця проводиться відбір 3х контрольних середньодобових проб очищеної зворотної води в магістральному каналі станції.
На основі показників середньодобових проб формується звітність та проводяться щоквартальні розрахунки для Податкової декларації екологічного податку.
Відбір контрольних проб в розсіючому випуску для оцінки впливу роботи БСА на р. Дніпро здійснюється 1 раз на місяць.
За результатами аналізів жодних перевищень встановлених нормативів гранично допустимого скиду забруднюючих речовин у зворотних водах БСА не виявлено.